典型的INPUT文件见第5部分模拟示例，下面我们介绍输入参数具体含义，许多参数都有可靠的默认值，当你在输入文件中遗漏掉它们时，这些默认值就变得有用（这就允许用户可以有非常短的输入文件！）。那些没有默认值选择的参数就需要用户根据具体的体系进行设置，包括反应机理、反应能量和反应条件。文件中所有的内容均为应为字符，可以采用百分号（%）或感叹号（!）作为注释标记符号，分号（；）作为分隔符，除了基元反应，所有的参数设置均采用MATLAB赋值的方式进行，即格式为：变量 = 参数值（variable = value），也允许包含一些简单的MATLAB代码、函数和命令。
4.1 反应机理
微动力学的模拟，反应的基元步骤肯定是必不可少的，它定义了微动力学的反应模型，可以包括吸附、解离、结合和脱附反应，物种包含反应物、产物、表面中间体和反应位点。
反应物种的名称需要满足变量名的命名规则，最简单的可以采用化学式书写，比如水可以用H2O表示，推荐采用标准的化学式写法，有助于反应机理的可阅读性，以及程序自动识别匹配，实现自动分子量和自带的热力学数据的计算。分别采用(gas)和(liq)来区别气相和液相物种（或分别简化为(g)和(l)或(p)和(c)），例如H2O(gas)和H2O(liq)分别表示气相和液相水，如果没有，默认物种是气相的；用井号（#）来作为反应位点，对于多个反应位点可以采用#i来表示，其中i代表第i个反应位点，例如#1和#2分别表示1号和2号反应位点；对于表面物种，采用物种名连接反应位点表示，比如吸附在1号活性位点的水为H2O#1。基元反应中，采用加号（+）分隔反应物种，采用箭头（由小于号、减号和大于号构成<->）分隔正反应逆反应，同时它也作为基元反应输入的标志。
%注释 : 基元反应 能量输入 [能垒 焓变]
(1) : H2 + 2#1 <-> 2H#1 [ 0.27 -0.20 ]
(2) : O2 + 2#1 <-> 2O#1 [ 0.85 0.47 ]
(3) : H#1 + O#2 <-> OH#2 + #1 [ 1.18 -1.09 ]
(4) : H#1 + HO#2 <-> H2O + #1 + #2 [ 1.43 -1.30 ]
以上就是氢气在金属氧化物上燃烧生产水（总反应2H2 + O2 <-> 2H2O）的4步基元反应，其中位点#1代表金属位点，位点#2代表O空位（即O#2代表表面氧位点）。基元反应中冒号（:）前面的内容将只作为注释内容，方括号中的内容为对应的能量输入，具体说明见4.2部分。
4.2 反应能量
有了基元反应步骤，需要进一步提供对应的吉布斯能垒（Ea）和反应自由能（G0），可以输入的能量也可以是反应能垒（Eb）和焓变（H0），然后设置相应的参数来自动进行处理和校正，程序内置了常见分子的热力学焓变、热容、熵（基于Shomate方程）、零点能（基于振动频率）校正的数据，对于复杂的分子，您可以自己手动校正好能量数据直接输入，或者提供相应的热力学参数输入；对于吸附/脱附的能垒，可以选择采用过渡态、碰撞理论、反应热力学等处理方式。
4.2.1 能量输入方式
1 通过设置关键字fun2GetGE= @funName提供自定义的MATLAB函数来计算对应的反应能量信息，其中funName为自定义的MATLAB函数名，可以允许自定义复杂的函数形式，包括考虑覆盖度效应等；
2 直接在基元反应的右侧提供反应能量信息，放在方括号[]中。对于单催化剂模拟，直接提供吉布斯能垒和反应自由能（[Ea G0]）；对于多催化剂模拟，可以提供基于能量描述符（E1/E2）的能垒和焓变的BEP或线性关系（[Ea(scaling) G0(scaling)]/[Ea(BEP) G0(scaling)]），对应的需要提供（E1/E2）的模拟值；
3 直接以变量赋值的方式提供反应能量信息，比如Ea = [Ea1, …]，G0 = …。
4.2.2 相关控制参数
1 E1/E2：能量描述符，最多可以允许用两个描述符（E1和E2）来模拟催化剂，设置方式采用赋值方式，比如E1 = [-1:0.1:1]，E2 = linspace(-1,1,21)；无默认值。
2 Fun2GetGE: 能量输入函数句柄的设置参数，fun2GetGE= @funName，用于（根据描述符）计算对应的反应能量信息，即对应函数形式为[Ea, G0] = funName(E1, E2)；默认值@initGE、@initGE1和@initGE2分别对应单催化剂、1个能量和2个能量描述符的情况，需要自己提供对应的函数。
3 fun2E1/fun2E2：基于原能量值E1计算新能量值E1的自定义MATLAB函数（用于考虑覆盖效果等），比如：fun2E1 = @funName，对应函数E1 = funName(E1)，或直接使用fun2E1 = @(E1) E1 + 0.2*Q1_I；无默认值。
4 BEPMode: 能垒输入的模式是比例关系还是BEP关系，即Ea =α*E1 + b或α*H0 + b 分别对应0、1；默认值1。
5 ThermoMode：反应物或产物种的热力学校正模式，包括焓变校正（dH）、熵校正（-TdS）、零点能校正（ZPE）及其各种组合，即不校正、dH、dH-TdS、dH-TdS+ZPE、-TdS、-TdS+ZPE、ZPE和dH+ZPE分别对应0、1、2、3、4、5、6和7；默认值0，即不矫正。
6 BarrierMode：吸脱附反应能垒的校正模式，包括不处理、热力学（TD）、过渡态理论（TST）和碰撞理论（CT）处理，分别对应-2、-1、0~1、2；过渡态理论处理时允许设置成0到1的值来考虑不同熵贡献的能垒值；默认值0，即不矫正。
7 ConsMode：能垒限制的模式，包括能垒需要大于0、总能（E0）或自由能（G0）及其组合，即不处理、大于0、E0、G0、(0, E0)、(0, E0)、(E0,G0)或者所有分别对应0、1、2、3、4、5、6、7；默认值0，即不处理。
8 As：吸脱附碰撞理论（CT）处理中必须设置的活性位点面积，单位是埃平方（Å2），对于多位点反应，可以设置成行向量；无默认值。
9 Mr_Species: 吸脱附碰撞理论计算时需要的物种（Species）的相对分子质量，当物种的化学式不是标准写法时，需要自己设定；因为所有元素的相对分子质量都大于1，将其值设为-2、-1和0~1可以将该物种对应的吸脱附过程改为不处理、TD、TST处理；默认值：标准化学式为对应的相对分子质量，非标准时则为-2。
10 自定义或覆盖内置的热力学参数，可采用参数Thermo_Species直接设置物种Species对应的热力学校正参数，可以包括Thermo_Species =
= [dGc]；其中，dGc为物种的校正自由能；
= [G, H0, ZPE]；其中G = H0 + CpT – TdS; dGc = G – H0；
= [H, H0, CpT, TdS, ZPE, Ef]; 其中Ef 为物种的生成能；
= [A, B, C, D, E, F, G, H, freqi, Ef]；其中A-H为shomate参数，freqi为频率。
除内置的常见分子，其余默认值均为0；变温情况下，可增加参数T0作为对应的参考温度；此外还可以新建一个Thermodynamics.data文件，通过关键词CF、TR、AH、FQ和EF设置（分别对应化学式、温度范围、shomate参数、频率和生成能），比如H2的热力学数据设置如下：
CF = H2;
EF = [-0.272839]; FQ = [4401];
TR = [ 298, 1000]; AH = [33.07,-11.36,11.43,-2.77, -0.16, -9.98,172.71,0];
TR = [1000, 2500]; AH = [18.56, 12.26,-2.86, 0.27, 1.98, -1.15,156.29,0];
TR = [2500, 6000]; AH = [43.41, -4.29, 1.27,-0.10,-20.53,-38.52,162.08,0];
4.3 反应条件
在动力学的速率表达式中，气相、液相和表面物种（Species）的量（概率）分别以压力（P）、浓度（C）和覆盖度（Q）表示，对于压力和浓度，是无量纲化处理的，即分别除以标准压力（P0: 0.1MPa）和标准浓度（C0: 1mol/L）。物种条件的设置采用X_ Species_Type = value的格式，其中X可以是P（压力）、C（浓度）或Qi（覆盖度）（注：位点#、位点#i和多位点#i#j#k上的物种分别以Q、Qi和Qixjxk表示（多位点中以x隔开））；Species气相、液相和表面物种的名称；Type为需要设置的类型，包括初始化（INIT）、固定化（FROZ）、平衡化（EQUI）和比值化（RATE）处理；value即为设定的参数值。
4.3.1 反应条件初始化（INIT）设置
设置气相、液相和表面物种Species初始压力（P）、浓度（C）和覆盖度（Qi）的初始值，比如P_CO_INIT = 1、C_H2SO4_INIT = 0.1、Q_v_INIT = 1; 默认为0。
4.3.2 反应条件固定化（FROZ）设置
固定气相、液相物种Species压力（P）、浓度（C）的值，被固定的物种，其对应的物料守恒方程dP/dt将从稳态方程中移除，设定的参数值即为稳态时被固定的物种的压力（P）或浓度（C）值。通常可以根据实验条件中反应物及转化率的值，固定所有反应物、产物的压力和浓度，来近似或简化模拟连续流动搅拌反应器（CSTR）；否则需要提供实验的条件，包括初始化条件、空速、总压力/浓度等信息（见以下参数Pn、Fgt、Cn、Flt），根据其物料守恒方程来精确求解稳态方程获得。比如P_CO_FROZ = 1、C_H2SO4_FROZ = 0.1；无默认值。
4.3.3 反应步骤平衡化（EQUI）设置
假设某一反应步骤是平衡的来近似处理，即其速率为零；若实际稳态时该反应远离平衡，则该平衡处理结果很可能是无意义的，但可分别对不同反应进行平衡处理，来对活性火山型曲线/面进行分解和分析处理；因为中间体变量与稳态方程是一一对应的，因此新加的平衡处理条件需要替换原来的某稳态方程，所以需要指定替换的稳态方程所对应的中间体，即Qi_Species_EQUI = IndexOfReaction，比如Q2_OH_EQUI = 4表示第四步基元反应平衡化处理，以其速率等零r(4) = 0替换位点#2上OH表面物种所对应的物料守恒方程dQ2_OH/dt = 0；无默认值。
4.3.4 反应温度（T）设置
单位是开尔文（K），对于单一的反应温度，直接设置其值，如T = 500 K（默认值为室温条件273.15 K）;如果是模拟不同反应温度下的情况，可以将其设置为行向量，如T = [300:50:1000]表示温度从300到1000 K每隔50 K布一个点。
4.3.5 连续流动搅拌器（CSTR）模拟
在含非固定化处理的物种的压力（P）或浓度（C）时，需要进一步提供实验的条件，包括空速、总压力、总浓度等信息，否则无法进行求解，包括：
Pn：气相标准化相对总压力，Pn = Ps*Ns/Ng，单位bar；
Cn：液相标准化相对总浓度，Cn = Cs*Ns/Nl，单位mol/L；
Fgt：气相标准化空速，Fgt = Vgt/Ns，单位m3/s/mol；
Flt：液相标准化空速，Flt = Vlt/Ns，单位m3/s/mol；
其中，Ns：活性位点数，单位mol；
Ps：气相相对总压力，单位bar；
Cs：液相相对总浓度，单位mol/L；
Ng：气体分子总摩尔数：单位mol；
Nl：液体分子总摩尔数；单位mol；
Vgt：气相空速，单位m3/s；
Vlt：液相空速，单位m3/s；
这里采用标准化打包的变量数据Pn、Cn、Fgt、Flt，是因为只有这些标准化的数据改变，才会对计算结果产生影响，因此并不需要全部设置Ns、Ps、Cs、Ng、Nl、Vgt和Vlt所有的参数，而且Pn和Cn只会影响体系到达稳态的（积分）时间（其本质是用来决定反应器的体积的，与下面的布点压力P和C相独立），只有Fgt和Flt变化才会影响体系稳态的解；当只有气相或液相时只需要设置对应相的参数即可，不需要全部设置；若空速设为零，则可以计算出反应达到平衡时表面的覆盖度、反应物产物的浓度等；全无默认值。
4.3.6 不同压力或浓度模拟
模拟气相或液相某一或多物种（Species）随不同压力（P）或浓度（C）下的情况，可以通过设置压力P和浓度C参数的行向量值实现，通常情况下，压力和浓度的布点是采用指数方式，例如P = 10.^[-6:1:3]，即，压力P从10-6每隔一个数量级布点到103；通过设置对应物种（Species）比值化（RATE）参数，控制哪个或哪些物种参与到压力或浓度的对应改变，例如P_H2_RATE = 2, P_O2_RATE = 1，即H2和O2将随布点压力按2：1对应改变，其余未设置的物种的压力或浓度按原来的设置保持不变；若需要设置的所有比值与初始化（INIT）设置的比值一致，可以不用再单独设置，将自动采用初始化的比值；默认值是0。
4.3.7 敏感度计算（CalcDRC）
控制是否进行敏感度（DRC）的计算，包括反应能垒（B）、中间体（I）、压力/浓度（P C）和能量描述符E1/E2（G）的敏感度；其结果矩阵的变量名在datai.mat文件中分别对应DRC_B、DRC_I、DRC_PC和DRC_G；计算敏感度通常需花费要更长的求解时间，特别是基元反应步骤、中间体个数很多的情况下；默认值0；
4.4 控制参数
4.4.1 计算求解相关的参数
1 Ndigits：用于基于可逆度迭代的改进牛顿法计算的有效数字位数，位数越大，求解的稳定性和成功的概率也大，但是耗时可能也越长；默认值是1000。
2 MaxTime：每次改进的牛顿尝试的最大时间，单位秒（s）；参数值越大，单次牛顿法求解成功的概率也要高，但是耗时可能更长，相同时间内可以搜索的空间也小；默认值是3。
3 MaxOdeTime：每次时间积分模拟尝试的最大时间，单位秒（s）；最大时间越大，求解成功的概率也大，但是耗时可能也越长；默认值是60。
4 TimeMode：是否自动增加每代粒子群算法（PSO）中牛顿迭代的最大时间，分别对应 > 0和0，增加最大时间MaxTime有助于提高求解成功的概率；若大于0，则每代粒子群算法中牛顿迭代的最大时间按以下公式更新：MaxTime = max(MaxTime + 3，(1 + TimeMode)* MaxTime)，即每次时间增加TimeMode* MaxTime且每次至少增加3 s；默认值是0.02。
4.4.2 结果分析及可视化的相关参数
1 Tspan：时间积分仿真的时间跨度参数，单位秒（s），时间跨度越大，模拟达到稳态的概率越大，但是耗时可能也越长；默认值是[0 1]。
2 PlotType：是否绘制反应曲线/图，能量分布图，流程图和时间积分模拟，不绘制、绘制曲线/面、势能面图、流程图、时间积分模拟图、所有的以及指定的，分别对应0、1、2、3、4、5 和指定行向量[1 … 4]；默认值[1:3]。
3 PlotMode：多反应条件模拟时，是否绘制反应势能面图、流程图和时间积分模拟图，不绘制、第一次、全部绘制或者制定绘制分别对应0、1、inf和指定行向量；默认值是1。
4 ProfMode：以反应总能、标准自由吉布斯能、自由吉布斯能、稳定自由吉布斯能或全部形式绘制反应势能面图，分别对应0、1、2、3和4；默认值是1。
5 PlotList：指定绘制反应结果，可以包括反应速率、选择性、可逆度、覆盖度、表观活化能、以及能垒、中间体、压力/浓度、能量描述符E1/E2的敏感度：Ri、Si_j、Zi、Yi、X[s]i_j、I[s]i_j 、PC[s]i_j、G[s]i_j，其中i /j为指定的下标/活性TOF 下标或它们的组合（[s]代表对应参数基于反应物或产物的结果），例如PlotList = {‘R1+1/2*2-3′,’S1+2_3+4′,’Z-2-0.3*1+5′,’Y1+2+3′,’E3′,’B-2-3*1+5 _1+2*2-3’, ‘Is5_2′,’PC1_3′,’Gs1_3’}；默认值为空（{}）。
6 PathOrder：指定的势能面图中反应路径的顺序列表，如PathOrder = {[1 2 3]，[1 4]}，每个行向量代表一个反应路径，每一个数字代表基元反应的序号；默认值为空（{}）。
7 PathCoord：指定的势能面图中反应路径的坐标列表，如PathCoord = {[1 2 3]，[1 3]}，反应坐标与上面的PathOrder一一对应，若为空，则在PathOrder非空时，自动根据物料原则对齐生成坐标；默认值为空（{}）。
8 PathScale：指定的势能面图中反应路径的系数列表，如PathScale = {[1 2 1/2]，[1 -1]}；反应系数与上面的PathOrder一一对应；若为空，则在PathOrder非空时，全部系数自动设置成1；默认值为空（{}）。
9 FigMode：将输出图片格式保存为.fig、.png或全部，分别对应1、2或3；.fig格式可以很方便在MATLAB里面打开查看和进一步编辑处理，.png格式可以用图片软件直接打开查看；默认值是3。
10 SimMode：是否含有反应活性位点以简化反应势能面图及流程图，分别对应0和1；通常包含反应位点的流程图网络通常非常复杂，可阅读和分析性很差，特别是基元反应步骤很多时，默认值是1，即不含反应活性位点。
11 SimValue：反应速率的阈值，用于简化反应的势能面图和流程图；即小于最大反应物和产物速率*SimValue的路径将被忽略，有助于复杂反应网络的主路径提取和分析；默认值是0.05，。
12 CompMode：比较模式，在相同或各自的速率尺度范围内绘制反应势能面图和流程图，分别对应1、0；在相图范围内作图，可以方便比较不同模拟条件下的变化趋势；默认值1。
4.4.3 其他相关参数
1 Istart：是否加载之前的参数设置和稳态方程等数据（ORGi.mat）再继续运行，分别对应1、0；加载时仅更新控制参数部分；若有未完成的任务，设为不加载时将根据INPUT所有参数重新初始化、产生基元反应表达式和稳态方程等，并且如果反应机理、反应能量或反应条件改变时，请删除对应任务的输出文件，特别是doneid_i、data*.mat等，否则，前后两次运行整合了反应机理、反应能量或反应条件不一致的结果；默认值是1。
2 npar：用于平行计算的线程数，>0 时为平行计算，临时计算文件在pari下，运行结束后将自动清空并汇总，并行结果将被汇总到datai.mat和logi_parsum文件中；并产生figi/Prediction文件夹，含有根据部分获得计算的结果，利用机器学习预测完整空间的覆盖度和活性图，可以提前预判模拟是否准确及其规律；默认值是0，即1个线程串行计算。
3 runid：指定到某一次运行计算，若该任务不存在，则开始一个新的任务；存在未完成，则继续计算任务；存在且已完成，则加载数据仅更新控制参数重新进行结果分析及可视化任务；默认值是第一个未完成的任务，若无未完成任务则开始一个新的任务。
4 SaveMode：将所有数据保存为双精度（double）或高精度符号（symbolic）类型，对应0和1；保存双精度速度非常快，需要的内存和硬盘非常小；保存成高精度符号结果速度慢，需要的内存和硬盘大，特别是布点数量很多的时候；默认值是0；
5 SaveFreq：保存计算结果的频率（串行模式下），每隔多少个运行样本保存一次，参数越大，保存的频率及耗时越小，若计算速度很快、计算条件好（内存、容量大，即不会出现内存、容量不足的情况）且稳定（不会出现MATLAB程序、计算机卡死、断电等计算异常中断的情况），可以尽量考虑设大一些，特别是将数据保存为double类型时；默认值是1。
6 SkipMode：从不过滤改进牛顿方法找到的解，或者过滤包含及全是零（全是零的解指每一个位点上只有某一物种是1，其余的均为零的情况）的解，分别对应0、1和2；通常情况下，包含零的解是没有物理意义的，所以需要过滤掉，但是如果您设置的反应机理、反应能量或反应条件就太离谱、不切合实际，则该模拟并不能保证存在有物理意义的解；试图进行这样的模拟完全是浪费时间、毫无意义的，所以模拟前、求解时、甚至是求解结束，请再三检查和确认您设置的反应机理、反应能量或反应条件等参数、软件运行的输出信息等（特别是警告信息）；默认值是0。
7 CheckMode：是否检查反应的热力学，不检查、第一次或者全部检查分别对应0、1和2；如果您的反应内循环的热力学不守恒（通常是同一物种，在不同基元反应中考虑共吸附方式不同导致的，当然也有可能是您的数据处理出错），则可能出现一些奇怪、不合实际的结果，比如某些反应路径的方向等，特别是他们被包含在主反应路径中时；默认值是2。
8 CalMode：计算模拟的模式，通常情况下不需要单独设置，可以根据模拟的条件自己判断；在目前的版面里，可以允许考虑布点的变量包括能量描述符E1/E2、温度T、压力P、浓度C、气相空速Fgt和液相空速Flt（分别以0、1、2、3、4、5标记），具体对应关系说明如下：
i. CalMode = 0，对应单条件模拟情况；
ii. CalMode >= 1，对应一维条件模拟情况；具体对应关系为
E1: 1.0、T: 1.1、P: 1.2、C: 1.3、Fgt: 1.4、Flt: 1.5；
iii. CalMode >= 2，对应二维条件模拟情况；具体对应关系为
(E1, E2): 2.00、(E1, T): 2.01、(E1, P): 2.02、(E1, C): 2.03、(E1, Fgt): 2.04、(E1, Flt): 2.05、(T , P): 2.12、(T , C): 2.13、(T , Fgt): 2.14、(T , Flt): 2.15、(P , C ): 2.23、(P, Fgt): 2.24、(P, Flt): 2.25、(C , Fgt): 2.34、(C , Flt): 2.35、(Fgt, Flt): 2.45。
