输入/输出文件依赖于进行动力学模拟的类型、控制参数和运行的环境等。对于单一反应条件（单点）、多反应条件（一维和二维）的模拟，输出的文件和结果的可视化的展示方式不尽相同；控制参数可以控制是否计算敏感度、是否可视化输出结果以及以何种形式（.fig，.png）输出等；以可视化Matlab命令窗口运行将实时显示运行的模块及其进度，后台运行将只会在log文件里简要显示运行的模块及其进度并定时更新。
3.1 输入文件
运行程序之前，我们需要构建输入文件，默认文件名为INPUT，当然我们可以任意命名和拓展名（如.m，.in等，也可不包含拓展名），只要这个文件名的字符串满足变量名的命名规则（即变量名只能是字母a-zA-Z，数字0-9，下划线_的组合，并且之间不能包含空格，数字不能放在变量名首位，如CATKINAS.in），只需要在执行的时候作为输入变量即可，即CATKINAS CATKINAS.in或者CATKINAS(‘CATKINAS.in’)；输入文件名可包含路径，若路径含有空格，请将输入文件名放在单引号中。
3.2 输出文件
开始计算后，将产生输出文件，输出文件一般在result_1文件夹下（对应默认输入文件名INPUT），如果采用其他输入文件名，输出文件夹名将为result_X格式，其中X为输入文件名不含拓展名及字符串INPUT或INPUT_开头部分，比如文件名INPUTa、INPUT_b.m、INPUT__c.CATKINAS和CATKINAS.in，其输出文件夹名将分别对应输出文件夹名result_a、result_b、result_c和result_CATKINAS。
在输出文件夹下，输出结果在logi中，其中编号i为同一输入文件第i次新的运行的结果；输出的数据保存在datai.mat中，可用于matlab快速加载、进一步分析和可视化处理；对于并行计算，将产生pari临时文件夹，运行结束将自动清空并汇总，并行结果将被汇总到logi_parsum文件；Prediction文件夹下，含有根据部分获得计算的结果，利用机器学习预测完整空间的覆盖度和活性图，可以提前预判模拟是否准确及其规律；figi文件夹中是模拟结果的可视化，包括活性、覆盖度、可逆度、敏感度、反应势能图和流程图等；任务结束后将产生logi_finished文件。
此外，执行CATKINAS –help，将显示迷你版的输入输出介绍，帮助信息内容也将保存在输入文件目录下的ReadMe文件中。
